正本清源与追本溯源是两种不同的学术或实践方法，二者的核心区别体现在以下方面：
一、定义与核心目标
正本清源 强调追溯事物或知识的最初来源，通过考古学、文献学等实证方法确认其真实性和有效性，核心目标是排除历史错误或误解，重建正确的体系。例如，在知识产权领域，正本清源用于确认原创作品的归属；在历史研究中，用于还原事件真实经过。
追本溯源
侧重分析事件或现象产生的原因、历史背景及演变过程，通过统计学、案例分析等手段揭示事物本质特征和发展规律，核心目标是理解现象的深层逻辑。例如，在医学研究中，追本溯源用于探讨疾病成因；在哲学研究中，用于分析理论产生的历史条件。
二、适用领域
正本清源： 主要应用于知识产权保护、文化传承、历史研究等领域，需在确保信息真实性的基础上进行知识创新。 追本溯源
三、方法与手段
正本清源 采用考古发掘、文献考证、实证研究等方法，通过资料收集、整理与分析确认事物来源。
追本溯源
侧重数据统计、案例对比、实验验证等，通过观察现象、模拟实验等方式揭示本质规律。
四、思维方式
正本清源： 偏向“纠错重构”，强调“清除错误痕迹，重建正确体系”。 追本溯源
五、典型场景对比
| 场景| 正本清源示例 | 追本溯源示例 |
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| 知识产权纠纷| 确认专利申请文件的原始性 | 分析技术发展历程对专利的影响|
| 历史事件考证| 核实文献记载的真实性 | 探讨社会背景对事件的影响|
| 医学疾病研究| 追溯病原体起源 | 分析药物研发的历史经验|
综上，正本清源与追本溯源在目标、方法、领域上各有侧重，前者重在确认真实性，后者重在揭示因果逻辑，二者相辅相成而非替代关系。
