根据搜索结果，南京在编程教育机构和技术工具方面有丰富的资源，以下为综合推荐：

一、顶尖高校推荐

南京大学计算机科学与技术学院

- 中国顶尖计算机科学机构，提供计算机软件、人工智能、大数据等方向的教育，师资力量雄厚，实验设施先进，支持本科、硕士、博士全链条培养。

南京邮电大学计算机学院

- 中国计算机领域知名学府，擅长网络工程、软件工程、信息安全等方向，提供编程培训课程和科研平台，适合系统开发与网络技术学习。

东南大学计算机科学与工程学院

- 以软件工程、数据科学与大数据技术见长，教学质量和科研实力突出，提供丰富的实践项目和学术资源。

二、专业培训机构推荐

南京软件学院

- 软件工程领域专业机构，提供软件开发、数据库设计等课程，注重工程实践能力培养。

南京工业职业技术学院

- 职业院校，侧重网页设计、移动应用开发等方向，适合希望掌握实战技能的学员。

达内教育、尚德机构

- 私立培训机构，覆盖Python、Java、C++等多种编程语言，课程灵活且注重项目实战。

三、编程工具推荐

Visual Studio Code （VS Code）

跨平台开源编辑器，支持Python、Java、C++等语言，集成Git、智能代码补全等功能，适合全栈开发和日常开发。

PyCharm

JetBrains出品，专注Python开发，提供调试、项目管理、Django支持等，社区版免费开源。

Eclipse

Java开发主流工具，集成开发环境，支持插件扩展，适合大型Java项目开发。

四、其他选择建议

南京信息工程大学计算机学院

重点计算机学院，注重编程实践与创新，提供丰富的实验资源。

南京理工大学计算机科学与技术学院

一流学科建设院校，涵盖计算机基础到前沿技术，适合科研与工程实践结合。

总结：

若需学术资源，南京大学、东南大学是首选；若侧重实践与职业培训，南京软件学院、达内教育更合适；编程工具方面，VS Code和PyCharm因易用性和功能全面性成为主流选择。