根据相关信息和搜索结果，东莞软件著作权的申请办理如下：

一、申请机构

软件著作权登记需在中国版权保护中心办理，该机构是国家版权局认定的唯一官方登记机构，负责全国范围内的软件著作权登记工作。

二、办理地点

中国版权保护中心北京登记大厅

地址：北京市东城区安定门东大街28号雍和大厦西楼

说明：该机构是唯一官方登记机构，其他地区需通过其授权的代办机构办理。

东莞代办机构

目前除北京外，东莞需通过中国版权保护中心认可的代办机构办理，具体信息可通过以下方式获取：

- 访问中国版权保护中心官网（http://wgx.dg.gov.cn/）查询；

- 拨打热线电话0769-12318（市文广新局）咨询。

三、申请方式

现场办理

可直接前往中国版权保护中心登记大厅提交材料，需携带软件登记申请表、软件源代码、开发文档等必要文件。

邮寄办理

支持通过挂号信函或特快专递邮寄材料至中国版权保护中心软件登记部。

四、注意事项

材料要求

- 软件登记申请表需填写完整且信息真实；

- 需提交软件源代码（需包含版权页）、开发文档、用户手册等材料。

办理流程

- 登录中国版权保护中心官网在线申请；

- 提交纸质材料并缴纳工本费；

- 等待审核通过后，获得软件著作权证书。

时间周期

完成登记后，软件著作权自登记完成之日起生效。

五、咨询建议

若对登记流程或材料有疑问，可通过以下方式咨询：

访问中国版权保护中心官网查询指南；

拨打0769-12318热线咨询东莞市文广新局；

咨询专业知识产权代理机构。

通过以上渠道，可高效完成东莞软件著作权的申请。