一、最大似然法（ML）建树软件

FastTree

- 特点：

基于最大似然法，运行速度极快，支持处理几百万条序列，比PhyML或RAxML快100-1000倍。 - 适用场景：适合大规模数据集（如几万条序列），且对准确度要求较高。

IQ-TREE

- 特点：

结合RAxML的模型选择能力和Ultrafast Bootstrap Approximation加速稳定性检验，支持多平台运行。 - 优势：自动化程度高，适合需要快速处理且希望减少手动干预的用户。

RAxML

- 特点：

经典最大似然法工具，支持多种替换模型（如JC GTR），广泛用于系统发育分析。 - 局限性：处理大规模数据时速度较慢，适合中小规模数据集。

二、其他算法建树工具

PhyML

- 特点：

支持多种进化模型，适合需要灵活调整参数的用户。 - 适用场景：中小规模数据集，对模型选择有特定需求时使用。

CIPRES

- 特点：

在线平台，支持贝叶斯建树，需提交序列文件生成.nex文件。 - 适用场景：适合无法本地运行复杂软件的用户，或需要专业模型评估时使用。

三、注意事项

数据预处理：建议使用MAFFT等工具进行多序列比对。

平台兼容性：IQ-TREE和RAxML支持Windows、Linux等系统，而FastTree官网未明确说明。

结果验证：可结合其他工具（如PhyloSuite）进行交叉验证。

根据数据规模、计算资源和功能需求选择软件，例如：

优先速度：FastTree

综合性能：IQ-TREE

传统工具：RAxML或PhyML

在线服务：CIPRES（需网络）。