诸葛亮哭的是马谡，但更深层次的原因与战略失误和未遵先帝遗言相关。具体分析如下：

直接情感因素

诸葛亮对马谡的才华和潜力深感惋惜，两人关系密切，马谡曾托付后事，诸葛亮视其为兄弟（如“吾与汝义同兄弟，汝之子即吾之子”），因此对其死亡痛哭流涕。

战略失误与自责

街亭失守是北伐失败的关键，诸葛亮因未严格遵循马谡的部署（如放弃水源驻军南山上），导致大军溃败。他悔恨未听从刘备“马谡言过其实，不可大用”的遗言，自责用人失策。

局势无奈与大局考量

斩马谡是诸葛亮为正军纪、稳定军心的必要之举，他深知此举可能断送北伐希望，但为保全大局仍选择执行。这种痛心与无奈交织的情感，进一步加重了他的悲痛。

综上，诸葛亮的泪水既包含对马谡的惜才与情谊，更主要的是对战略失败的悔恨及未遵先帝嘱托的自责。