运行的软件主要存放在 内存中。当计算机运行一个程序时，操作系统会将程序加载到RAM（随机存取存储器）中。RAM是与CPU直接进行数据交换的部件，用于暂时存放CPU正在处理的数据和指令。因此，正在运行的程序会存放在RAM中，以便CPU能够快速访问和处理这些数据。

尽管现代计算机可能使用虚拟存储器技术，其中一部分程序可能会驻留在磁盘中，但这并不改变主要运行程序存放在内存中的事实。虚拟存储器的作用是扩展可用内存，将部分数据暂时存储在硬盘上，以便在需要时交换到内存中。但这并不影响正在运行的程序主要存储在内存中的事实。

对于桌面应用程序，通常建议将它们安装在非系统盘（如D盘）下，以减少对系统盘空间占用，并便于应用程序文件的管理和维护。系统盘（通常是C盘）应保留给操作系统和关键系统文件，以保持系统的稳定性和快速启动速度。

总结来说，运行的软件主要存放在内存中，而桌面应用程序建议安装在非系统盘下，系统盘则应保留给操作系统和关键系统文件。