根据搜索结果，秒账软件公司益萃网络科技（中国）有限公司的总部位于 上海。以下是相关信息的综合说明：

公司注册地与总部位置

益萃网络科技（中国）有限公司成立于2017年，总部位于 江苏苏州，但根据多个来源显示，其实际运营和管理中心设在上海。

业务发展与分支机构

公司在多个省份设有分公司，包括北京、浙江、广东、河北、吉林等，其中苏州是软件研发中心，广西贵港是服务中心。但总部仍以上海为核心运营基地。

其他关联公司

另有信息显示，秒账软件的实际开发由 浙江坤盈科技有限公司承担，该公司位于金华市义乌市。这可能表明益萃网络科技通过合作或子公司形式拓展业务，但总部位置仍以上海为主。

综上，秒账软件公司的 总部设在上海，而其他分支机构或合作公司可能分布在其他城市。