软件著作权的归属根据开发方式和合同条款确定，具体规则如下：

一、一般原则

独立开发

由自然人、法人或其他组织独立完成的软件，著作权归开发者所有，但需满足“独立开发”条件，即开发者需独立完成开发且无使用他人资源或接受委托。

合作开发

由两个以上主体合作开发的软件，需通过书面合同明确著作权归属；若无约定或约定不明，著作权由合作开发者共同享有。

二、特殊情形

委托开发

委托开发的软件，著作权归属由委托人与受托人通过合同约定；未约定或约定不明的，著作权归受托人。

国家机关任务开发

国家机关下达任务的软件，著作权归属由项目任务书或合同规定；未明确规定的，归接受任务的法人或其他组织所有。

法人组织变更

- 有权利义务承受者的，著作权转移给承受者；

- 无承受者的，著作权归国家所有。

三、职务作品的特殊规定

一般职务作品：

归作者所有，但单位有权在业务范围内优先使用，且作者两年内未经单位同意不得许可第三人以相同方式使用。

特殊职务作品：主要利用单位物质技术条件开发且由单位承担责任的软件，著作权归单位所有。

四、申请与登记

软件著作权需通过中国版权保护中心办理登记，登记机构不改变著作权的归属，仅提供权属证明。登记材料包括申请表、源代码、用户手册等。

总结

软件著作权的归属以开发方式和合同约定为核心，独立开发归开发者，合作或委托开发需明确约定，国家机关任务开发按任务书或合同执行。特殊情形下可能涉及国家所有权。登记机构仅负责权属登记服务。