在上海，有多家机构提供软件著作权登记服务，以下是一些靠谱的机构：

中国版权保护中心

这是国家版权局直属的非营利性机构，负责版权保护和版权管理等相关工作。该中心不仅在上海设有办事机构，而且是全国范围内知名的软件著作权登记门户。

上海市版权保护中心

上海市版权保护中心是上海市政府授权的版权保护机构，其主要职责是为软件开发者提供软件著作权的申请、登记和保护服务。

上海市知识产权局

上海市知识产权局是上海市政府主管知识产权工作的部门，可以为软件开发者提供软件著作权的申请和登记服务，并且可以为开发者提供知识产权保护的法律咨询和诉讼服务。

上海市律师协会知识产权专业委员会

上海市律师协会知识产权专业委员会是上海市律师协会设立的专业委员会，律师可以为软件开发者提供软件著作权的申请和保护服务，并且可以为开发者提供知识产权保护的法律咨询和诉讼服务。

上海市科技创新中心

上海市科技创新中心是上海市政府设立的科技创新服务机构，可以为科技创新企业提供各种服务支持，包括软件著作权的申请和保护服务。

专业律师事务所

如果软件开发者不熟悉软件著作权的申请流程，也可以委托专业律师事务所进行办理。律师事务所可以为软件开发者提供全方位的法律服务，包括版权保护、知识产权维权等。

建议

中国版权保护中心：适合需要全国范围内权威保护的企业和个人。

上海市版权保护中心：适合需要本地化服务的上海企业和个人。

上海市知识产权局和 上海市律师协会知识产权专业委员会：适合需要专业法律咨询和诉讼服务的客户。

上海市科技创新中心：适合需要科技创新相关服务的客户。

专业律师事务所：适合不熟悉申请流程或需要全方位法律服务的客户。

根据以上信息，可以根据具体需求和预算选择合适的机构进行合作。