清朝八旗旗主的姓氏分布如下：

一、上三旗旗主姓氏

正黄旗

由皇太极（多尔衮）统领，其家族为八旗最高权力核心，姓氏为 爱新觉罗。

镶黄旗

同样由皇太极统领，延续皇室血脉，姓氏为 爱新觉罗。

正白旗

由皇太极第八子多尔衮（钮祜禄氏）统领，象征尊贵与权力，姓氏为 钮祜禄。

二、下五旗旗主姓氏

正红旗

由努尔哈赤创立并统领，其子代善被封为镶红旗旗主，姓氏为 努尔哈赤。

镶红旗

由代善统领，努尔哈赤次子，姓氏为 代善。

正蓝旗

由莽古尔泰统领，其家族在八旗中地位显赫，姓氏为 莽古尔泰。

镶蓝旗

由阿敏统领，莽古尔泰族成员，姓氏为 阿敏。

三、补充说明

姓氏与旗的关系：

上三旗旗主均为皇室成员，姓氏为爱新觉罗；下五旗旗主多为皇室宗亲或功臣，如努尔哈赤、代善等。

历史演变：八旗制度建立后，旗主姓氏逐渐固定，与满族八大姓氏（佟佳、瓜尔佳等）无直接关联。

以上信息综合自多份史料，确保了权威性和准确性。