在电视剧《秀才爱上兵》中，香水被杀的真相如下：

案件起因

香水被杀的直接原因是与表哥耀成因债务纠纷误杀其表姐翠，后为脱罪特设此局。

凶手身份

凶手是唐水。原剧情中，唐水与耀成因翠的死结下深仇，暗中将翠的遗体调包，并指使耀成实施犯罪。但剧中未明确提及唐水在场的直接证据，其犯罪动机源于多年前与谢家祖上的恩怨纠葛。

案件后续

谢皇上查明真相后，因同情两人遭遇，最终判处两人秋后处决。但为保护香水家人，谢皇上谎称香水已死，并安排其家人改姓陈，自己与香水假婚，使其成为谢家成员。

综上，香水被其表兄唐水暗中指使杀害，而谢皇上通过智慧揭露了部分真相。